Построен през 893-900 година от свети Наум Охридски (със съдействието на българските владетели Борис и Симеон), разположен на югоизточния бряг на Охридското езеро, в непосредствена близост до границата с Албания, манастира „Свети Наум“ е бил в миналото едно от средищата на Охридската архиепископия.
Самият манастир е преустройван неколкократно и през втората половина на XVII век игуменът Гавриил изгражда болница.
През 1870 година манастира изгаря напълно, с изключение на църквата в която се съхраняват и мощите на Свети Наум Охридски. Сегашните манастирски сгради са изградени в последствие след пожара.
